2016年4月18日,与苏星侨搭挡主演的奇幻喜剧片《幻相》播映,在片中饰演侠盗辣春妹;8月29日,与杜冯欣怡,孙宝珠等共同出演的都市奇幻剧《慎点第三季》开播;12月10日,与王昭,张悦楠联袂主演的爱情喜剧片《拜见女仆大人》在爱奇艺视频独家上线,她在片中饰演拜金女沈小媚。2017年1月12日,搭挡刘纳羽主演的喜剧片《银河少女》上线播出;9月21日,与陈梦瑶,依灵等联合主演的悬疑推理电影《十二星座大逃杀》上线。2018年1月9日,与郑晓甫搭挡主演的爱情喜剧片《我的唐朝恋人》在爱奇艺视频上线,饰演职场小白菜穆诗韵;同年,她还参演了古装武侠轻喜剧《欢乐英雄》。2019年3月28日,与郭京飞,李倩等合作出演的悬疑犯罪剧《暗黑者3》在腾讯视频播出,饰演张姐的助理许薇薇;5月13日,与徐申东,朱振豪联袂主演的古装悬疑推理片《金牌女仵作之阴阳法尺》在爱奇艺视频播映,饰演兰陵县纪员外的大女儿纪青玉;5月31日,与王野,胡世闻联袂主演的魔幻神话电影《列神记Ⅱ》上线,在片中饰演魔界妖女小青;9月6日,与张子文搭挡主演的古装玄幻武侠片《李白之天火燎原》上映,在片中饰演性格张扬的玉真公主。2020年6月28日,搭挡钟政均主演的古装仙侠奇幻电影《蛟龙劫》播映,在片中饰演民间镖局的洛雨桐;10月21日,参演的动作片《决战荣耀》杀青;11月1日,与王紫逸,英达等联合主演的灾难片《虫灾》开机,饰演直率胆大的冰冰老师杨乐。2021年3月25日,与文松,贾冰等联合主演的民国情景轻喜剧《大饭店传奇》在优酷合家欢剧场独家播出,她在剧中饰演蜀中盗门世家的三小姐杨思瑞。2022年7月17日,主演的动作喜剧电影《霍家拳之铁臂娇娃3》在腾讯,爱奇艺双平台全网首播。2023年8月20日,主演的中式恐怖电影《阴阳先生》上线。
2020年6月,参与“美丽中国青春行动”和“绿创未来”微博双话题词传播活动,作为美丽中国守护者,以榜样的力量,呼吁更多公众关注环保,践行绿色生活。
在唐朝题材影片《我的唐朝恋人》中,马牧萱与其她几位女演员共同组成了一个现代感十足的后宫。作为一位实力派美女,马牧萱出演过多部热门网剧,并以青春靓丽的形象被大家熟知和喜爱。而在另一部唐朝题材的玄幻片《李白之天火燎原》中,马牧萱与其他两位主角则尽显独特气质。剧照中舞姿翩翩的她展现了玉真公主柔美的一面,尽管该角色性格张扬,但她与李白之间温馨细腻的互动却给观众留下了想象空间。马牧萱与其他几位“高颜值”主演们的加入也完美契合了当下年轻观众的审美。