FlaniganFlanigan出生在加利福尼亚州的洛杉矶,本名JosephDunniganIII。他自己说他父亲在他出生后不久便离开了母亲和自己,而后母亲改嫁,所以他也改成继父的姓。Flanigan有三个兄弟和四个姐妹。在他六岁的时候,全家搬到内达华州的小城雷诺的一个小农场。十四岁时,Flanigan开始在加利福尼亚州的奥哈依上寄宿学校,那时他出演了戏剧AStreetcarNamedDesire。后来他拿到了州立科罗拉多大学的历史学位,在大学时他出演了戏剧Coriolanus。在一个朋友的建议下,他才开始自己的演艺生涯,希望以此克服自己害羞的缺点,但他一开始并不打算将演戏作为自己的职业追求。乔·弗拉尼甘由于JuniorYearAbroadprogram,Flanigan去到了法国巴黎的索邦大学学习。在法国的一年里他学会了法语。
乔·弗拉尼甘Flanigan的妻子是KatherineKousi,后者是一名演员和钢琴演奏家。他们在1996年注册结婚,两人生有三个儿子Aidan,Truman和Fergus。Flanigan及其家人家人现居马里布,雷诺,内华达州。Flanigan曾在2006年一月参加Waterkeepers联盟举办的阿莱恩斯下坡滑雪比赛,并拿到两个奖项。出演星际之门：SG-1的理察·狄恩·安德森也参加了该比赛。Flanigan和一同出演星际之门：亚特兰蒂斯的JasonMomoa是很好的朋友,JasonMomoa曾多次在采访时提到他们的友谊。在温哥华拍摄时两人经常一起住。拍摄结束期间,两人分住在马里布,他们经常一起去冲浪。他和同剧组的DavidHewlett也是很要好的朋友。巧合的是,他和在亚特兰蒂斯中扮演Beckett医生的PaulMcGillion同一天生日。